在Linux环境下运行MySQL数据库，优化是提升性能、确保系统稳定高效运行的关键。而CPU、内存和文件系统这三个方面，更是优化过程中的重中之重。

首先来看CPU优化。MySQL的查询处理、数据排序和索引构建等操作都高度依赖CPU资源。为了让CPU高效工作，要合理配置MySQL的线程数量。过多的线程会导致CPU频繁上下文切换，消耗大量资源；而过少的线程又无法充分利用CPU多核优势。可以通过修改MySQL配置文件中的thread_concurrency参数来调整线程数量，使其与服务器CPU核心数相匹配。另外，优化查询语句也至关重要。避免全表扫描，通过创建合适的索引，让查询能够快速定位数据，减少CPU用于数据检索的时间。例如，在经常用于WHERE子句的列上创建索引，能显著提升查询效率。

内存方面，MySQL缓存机制极大地依赖内存。查询缓存用于存储查询结果，只要查询条件不变，就能直接从缓存中获取数据，减少查询处理时间。合理设置查询缓存大小很关键，可通过query_cache_size参数调整。InnoDB存储引擎有自己的缓冲池，用于缓存数据和索引页。增大缓冲池大小能减少磁盘I/O操作，将更多常用数据和索引驻留在内存中。但也要注意，不能将内存过度分配给MySQL，要给系统和其他进程保留足够空间，防止系统内存不足而导致性能下降。

文件系统同样影响MySQL性能。选择合适的文件系统很重要，例如XFS文件系统在处理大文件和高并发I/O时表现出色，ext4则在通用场景下有不错的性能。磁盘I/O调度策略也需优化。通过调整I/O调度算法，如使用CFQ（完全公平队列）算法，能均衡不同进程的I/O请求，提高整体I/O性能。定期对磁盘进行碎片整理，能减少文件读取时间，让MySQL数据读写更加高效。

Linux下MySQL优化需要从CPU、内存、文件系统三个关键维度入手，综合调整各项参数和配置，才能打造出高效稳定的数据库运行环境。