MySQL作为一款广泛使用的关系型数据库管理系统，其底层优化对于提升整体性能至关重要。而存储引擎的选择，是底层优化中关键的一环。

MySQL支持多种存储引擎，每种都有其独特的特点和适用场景。常见的存储引擎有InnoDB、MyISAM、Memory等。

InnoDB是MySQL 5.5之后的默认存储引擎。它支持事务处理，具备自动崩溃恢复能力，这保证了数据的完整性和一致性。InnoDB采用行级锁，在高并发写入场景下，相比表级锁的存储引擎，能大大减少锁争用，提高写入性能。例如在电商系统的订单处理模块，大量的订单数据需要实时写入，InnoDB的特性就能很好地满足这种需求。

MyISAM则不支持事务，也没有行级锁，只有表级锁。这使得它在写入操作时，如果有大量并发，会出现锁等待的情况，影响性能。但是，MyISAM的索引和数据是分开存储的，在一些读操作远多于写操作的场景，如新闻资讯网站，其性能表现较为出色。因为对于只读数据，无需事务支持，表级锁也不会成为性能瓶颈，而且其索引和数据分离的存储结构能快速定位数据。

Memory存储引擎将数据存储在内存中，数据的读写速度极快。不过，由于数据存于内存，一旦服务器重启，数据就会丢失。所以它适用于那些对数据读写速度要求极高，且数据可丢失的场景，比如缓存系统。

在进行性能对比时，我们发现InnoDB在高并发读写、事务处理方面表现优异；MyISAM在简单的读多写少场景下效率较高；Memory则凭借内存存储的特性在速度上独占鳌头。

在MySQL底层优化中，根据实际应用场景合理选择存储引擎，能显著提升数据库的性能。开发人员需要深入了解各种存储引擎的特点，权衡利弊，从而为项目选择最合适的存储引擎，实现MySQL性能的最大化。