在 Spring 框架中，当将 Bean 的作用域设置为 Prototype 时，期望每次获取都是一个新的实例。然而，有时却可能出现仍获取到单例对象的情况，这背后的原因值得深入探讨。

可能是配置错误导致的。在 Spring 的配置文件中，如果对 Bean 的作用域设置不正确，或者存在其他冲突的配置，就可能使得本应是 Prototype 作用域的 Bean 被错误地当作单例处理。

代码中的注入方式也可能是问题所在。如果在注入 Bean 时，使用了不恰当的方式，例如在单例 Bean 中直接持有了 Prototype 作用域的 Bean 的引用，并且没有正确处理获取新实例的逻辑，那么就可能导致始终获取到同一个对象。

另外，缓存机制也可能产生影响。某些中间件或者缓存组件可能会对获取到的 Bean 进行缓存，如果没有针对 Prototype 作用域的 Bean 进行特殊处理，那么从缓存中获取时就可能得到之前缓存的单例对象。

可能存在自定义的 Bean 工厂或者扩展点的错误实现。如果开发者自定义了 Bean 的创建逻辑或者扩展了 Spring 的相关功能，但在实现过程中出现了错误，也会导致 Prototype 作用域的 Bean 表现为单例。

最后，多线程环境下的并发问题也不能忽视。在并发访问时，如果没有对获取 Prototype 作用域的 Bean 进行正确的同步处理，可能会导致多个线程获取到同一个对象。

为了解决这个问题，首先要仔细检查配置文件，确保作用域的设置准确无误。其次，优化代码中的注入方式，遵循最佳实践。对于缓存机制，要明确其对 Prototype 作用域 Bean 的处理方式并进行必要的调整。对于自定义的实现，要进行严格的测试和验证。在多线程环境下，采用合适的同步策略来保证正确获取新的实例。

当 Spring 中本应是 Prototype 作用域的 Bean 却表现为单例时，需要从多个方面进行排查和分析，找到问题的根源并采取有效的解决措施，以确保系统的行为符合预期。