在 MySQL 数据库中，聚簇索引和非聚簇索引是两个重要的概念，它们在数据存储和查询性能方面有着显著的区别。

聚簇索引是一种特殊的索引结构，它决定了表中数据的物理存储顺序。也就是说，表中的数据按照聚簇索引列的值进行排序存储。如果一个表定义了主键，那么主键通常就是聚簇索引。如果没有定义主键，MySQL 会选择一个唯一且非空的索引作为聚簇索引。如果连这样的索引都不存在，MySQL 会隐式地创建一个隐藏的聚簇索引。

聚簇索引的优点是，对于基于聚簇索引列的查询，特别是范围查询，性能非常出色。因为数据在物理上是连续存储的，所以可以快速定位和读取所需的数据。聚簇索引还可以提高插入和更新操作的性能，只要插入和更新的数据按照索引顺序进行。

然而，聚簇索引也有一些缺点。插入和更新操作可能会导致页分裂和数据移动，从而影响性能。如果经常对聚簇索引列进行修改，可能会导致大量的数据移动和页重组。

非聚簇索引则不同，它并不决定数据的物理存储顺序。非聚簇索引存储的是索引列的值以及对应的主键值或者行指针。通过非聚簇索引查找数据时，需要先根据索引找到对应的主键值，然后再通过主键值在聚簇索引中查找数据。

非聚簇索引的优点是，它的创建和维护相对简单，不会影响数据的物理存储顺序。而且，在表中有多个经常用于查询的列时，可以为这些列创建非聚簇索引，以提高查询性能。

不过，非聚簇索引的查询需要进行两次查找，一次是在非聚簇索引中，一次是在聚簇索引中，这会增加一定的查询开销。而且，如果非聚簇索引过多，会增加数据插入、更新和删除的开销。

聚簇索引和非聚簇索引各有优劣。在实际应用中，需要根据业务需求和数据访问模式来合理选择和使用索引，以优化数据库的性能。例如，如果经常进行范围查询和基于主键的查询，聚簇索引可能是更好的选择；如果有多个不同的查询条件，可能需要创建多个非聚簇索引来提高查询效率。也要注意避免过度创建索引，以免对数据库的性能产生负面影响。